Proline:
Dünya'da Yüksek Başarımlı Hesaplama (HPC - High Performance Computing) alanında hizmet veren bir çok donanım üreticisi ve yazılım geliştiricileri ile çalışan Proline, cluster(kümeleme) mimarisi üzerinde yaptığı çalışmalarla Türkiye'de akademik çalışmalar, otomotiv ve savunma sanayi sektörlerine yönelik fiyat&performans anlamında katma değeri yüksek ve maliyet olarak karşılanabilecek yüksek performanslı hesaplama sistemleri çözümleri üretmektedir.
www.pro-line.com.tr
Hedef:
Projemiz, ağırlıklı olarak motor proteinler olarak bilinen ve DNA üzerinde kendiliğinden mekanik işler yapan bu proteinlerden ‘Topoisomerase' denen bir kısım proteinler üzerine yogunlaşmaktadır.Topoisomeraseler DNA'nın akıl almaz derecede kompleks olan topolojisini değiştirmek ve regüle etmek gibi çok önemli fonksyonları olmakla beraber, DNA'nın kendini yenilemesinde de aktif rol alırlar. Bu yönü ile projenin Topoisomerase'leri hedef alan anti-kanser moleküllerinin geliştirilmesi çalışmalarına çok önemli teorik bilgiler sunmasını
hedeflemektedir.
Projedeki en temel yenilik atomların dinamik hareketlerini incelemek için fiziğin temel mekanik teorileri olan klasik-mekanik, quantum-mekaniği ve istatiksel-mekaniği iç içe kullanmak olarak açıklanabilir.
Sistem Performansı:
86.558 atomluk bir sistem üzerine yapılan, 5.000 steplik, T=300 Kelvinde bir Nose-Hoover Moleküler Dinamik hesabının 2,4,8 ve 16 işlemcilerdeki relative performansı aşağıdaki tabloda görülebilir.
|
Kullanılan Ürünler & Teknolojiler
TÜBİTAK destekli proje kapsamında, Fatih Üniversitesinde ‘ULUBATLI' adı verilen cluster mimarisine dayalı Yüksek Başarımlı Hesaplama sistemi kurulmuştur.
1 adet HP DL380G5 sunucunun yönetimini yaptığı clusterda, Compute node(hesaplama sunucusu) olarak bilinen bu 7 sunucu, infiniband network teknolojisi ile birleştirilmiş ve sunucu başına 40 Gb/s lık hıza kadar ulaşabilen bir network trafiği oluşturulmuştur.
Ayrıca ‘ULUBATLI' 4.2 TB lık bir HP Storageworks MSA30 disk ünitesine sahiptir. Cluster yönetim fonksiyonlarını gerçekleştirmek için ayrıca bir gigabit ethernet networku oluşturulmuş ve kullanıcı yetkilendirmesi, dosya transferleri gibi işlerin bu gigabit network üzerinden yapılması sağlanmıştır.
ULUBATLI'ya gönderilen hesaplamalar Platform LSF yük dağıtım ve yönetim yazılımı ile sistem kaynaklarına en efektif şekilde paralel olarak dağıtılmaktadır ve bu hesaplamalar yapılan politaka ayarlarına göre sıraya sokulmaktadır.
ULUBATLI her yönü ile büyütülebilir bir hardware alt yapısı ile oluşturulmuş olup, yakın zaman içeresinde yeni sunucular eklenerek büyütülebilecektir.
Proje Özeti
ULUBATLI ile Yrd. Doç. Dr. Levent SARI ve 5 master öğrencisi, DNA ile etkileşime giren bio-moleküler motor proteinler arasındaki ilişkileri, enerjetik ve yapısal olarak atomik ve elektronik seviyelerde incelemek için paralel hesaplar yapmaktadır. Projeye Boğaziçi Üniversitesinden Prof. Dr. Viktorya Aviyente de araştırmacı olarak destek vermektedir.
Bu paralel hesaplarda ağırlıklı olarak CHARMM (Chemistry at HARvard Macromolecular Mechanics) programı ile Gaussian 03 programları kullanılmakta ve bahsedilen DNA-protein sistemlerindeki atomların zaman içeresindeki haraketleri simüle edilmektedir.
|
